農業協同組合との契約における商法適用について

農協の事業は営業行為ではないとして農協は商法4条の商人には当たらないとされます（最判昭和３７年７月６日）。
もっとも、農協の出資者以外の、会社等の商人との間で取引を行なう場合には、取引先の立場からは営業行為として商法５０３条の付属的商行為に該当しますが（なお、国税庁も営業者間の契約との見解）、そもそも商法５０４条以下の商行為に関する規定は、基本的に任意規定のため、一部を除き契約によって排除することは可能です。
したがって、農協が商法の規定に基づく契約条項に応じられないという立場であれば、契約を締結できない可能性がある点を踏まえた上で、具体的内容について交渉頂く必要があるでしょう。

なお、本年３／３１までに締結された契約は現行民法が、４／１以降は改正民法が原則として適用され、瑕疵担保責任または契約不適合責任の適用、消滅時効、遅延損害金の法定利率等が異なってくるため、改正民法の適用にもご留意いただく必要があるでしょう。

農業協同組合は商人ではないので、時効も１０年ですね。
もっとも、あなたが法人であるか事業者ならば、商行為に
なるので、時効は５年になります。
つまり、商法が適用されますね。
こういう条文があります。
（一方的商行為）
第３条
（第1項）当事者の一方のために商行為となる行為については、
この法律をその双方に適用する。
（第2項）当事者の一方が２人以上ある場合において、その１
人のために商行為となる行為については、この法律をその全
員に適用する。