個人事業主です

住居についてはまだローンがかなり残っていると思いますが、競売した場合の売却見込価格よりローン残高が大きい場合には、住居の競売申立ては認められません。
競売の場合には売却価格が低くなる場合が多く、本件では、訴訟で敗訴した場合でも、相手方が当該住居の強制執行を行なうのは難しいのではないかと思います。
ただ、預金や売掛金の差し押さえを受ける可能性はありますので、できれば上記訴訟について和解による解決を目指した方がよいのではないかと思います。

仕入先に対しては、法的には、差押可能な財産を探して強制執行を行なう必要があります。
それ以外に効果的な方法があるか否かについては、ここですぐにお答えするのは難しいですが、仕入れ先との関係等の具体的な事情によるかと思います。

仮に、この裁判で私が負けた場合ですが
住居の強制執行を免れる方法は残されてますでしょうか？

差押えがされれば、強制執行になるでしょう。もっともオーバーローンの場合はローン会社が回収が優先するので、それで明らかにメリットがなければできませんし、微妙な場合は、」あまりされません。

判決の出ている仕入先に対して
効果的というか、法律に触れない程度の方法で
債権を回収する手段を教えて下さい。

これは交渉しかないでしょう。