2点注文、1点しか届かなかった場合の店の対応。

１ ご質問の店側が訴訟を起こす可能性は絶対ないとも言えませんが，まずないでしょう。逆に御相談者がクレジットカード会社と店に対する訴訟をしないと返品処理にして引き落としされてしまう代金の返還をできなくなる可能性の方が大きいと思います。
さらに，最悪のことを考えると計画的な詐欺として店による刑事事件のことも念頭に置く必要もあるでしょう。
２ まず，資料としてはクレジットカード会社との取引履歴はあるはずです。それ以外の商品売買契約として購入の申し込みをした商品２点について，どのような商品であるかを特定できる書類はありますか。その商品を店側が注文として受けた，つまり承諾したとして，商品売買契約の成立内容の立証書類が必要です。
ネットでのやりとりであればそれらのデータがあるでしょうか。
次に売買契約のとおりの商品が届いていない。つまり債務不履行があることの証明が必要です。
届いた商品が１点であり，しかも注文したものと異なっているという両方を証明できる資料（写真でもかまいません。）はありますか。カタログと届いた商品現物の写真で対比すればわかりやすいのですが。
３ さらに根本的に相手の店は店舗を構えているのですか，それともネット上だけのものですか。訴訟をするとしても刑事告発するとしても相手方の存在と連絡先を特定することが必要です。
４ 弁護士としては，これらの作業を早急にする必要があると考えます。その上で，その作業している中で店側に疑わしい点が出てくればやはり計画的なものを疑います。
５　直接弁護士会か法テラスの法律相談を受けることをおすすめします。 　

金額によってはあるかもしれません。
あなたは１点については、受け取っていないのですから、
支払義務はないようですが、商品を受け取った時にサインを
してるでしょうから、相手は受け取ったといってくる可能性は
ありますね。
あなたが、受け取っていないことを立証するためには、支払
抗弁書を早期に出したほか、中身を確認して受け取ったわ
けではないこと、また中を開けた時の状況などを説明する
必要があるでしょう。
相手も、２個梱包し発送したことについて、証明を求められ
るでしょう。
あなたが、１個は受領していないことを裁判官が認めてく
れれば、問題はありません。
金額がさほどでなければ、法的手続きまではしてこないでしょう。
したがって、２個の返品処理をするかどうかは、相手が訴訟負担
を、どう見るかによるでしょう。