jr無人駅の無料駐輪場に自転車を置いといた

市の条例の内容にもよりますが、おそらく、難しいでしょう。

JRの駐輪場利用は、あくまで鉄道利用等のためにJRが許諾した期間内において利用が認められているものであって、利用許諾期間経過後はJRに妨害排除請求権が発生します。
そして、貴殿お住まいの市の条例において、放置禁止区域外であっても、放置が継続する場合における自治体の撤去権が定められている場合で、条例所定の要件を満たせば、撤去可能と解されます。
例えば、東京都港区の自転車放置防止等条例12条1項では、「区長は、放置禁止区域外において、自転車等が放置されていることにより、区民の安全で快適な生活環境が阻害されていると認めるときは、当該自転車等の利用者等に対して、これを放置することがないよう指導するものとする。」と定め、2項では、「区長は、前項の規定による措置を講じたにもかかわらず、なお自転車等が放置されているときは、あらかじめ撤去する旨を警告した後、当該自転車等を撤去することができる。」と定められています。おそらく、他の自治体でも同様の趣旨の規定が存する可能性が高いと思われます。

併せて、貴殿の放置継続行為が不法行為として、条例所定の撤去・保管料所定の費用の納付が必要になる可能性が高いでしょう。

また、かかる趣旨の条例の規定は、民事での妨害排除請求ではなく、住民の安全で快適な生活環境維持のため行政により速やかな環境整備を行う趣旨と解され、必要かつ相当な範囲内における財産権等に関する制約として、憲法違反とは言い難いでしょう。