会社で資金が足りず、自分のお金をいれていました。

会社との合意がない入金をどのように位置づけるかという問題はありますが、貴殿による入金が明確に裏付けられ、貴殿が会社の資金を立て替えたのであれば、返還請求可能であるのが原則です。

ただし、貴殿が無断で入金したことにより会社に生じた損害（例えば、税務署からの調査や追徴課税がなされた場合等）や、会社の就業規則に違反するとして減給処分がなされる場合には、相殺が主張される可能性があります。
また、会社が任意に返金に応じない場合には、訴訟等の法的手続が必要になる可能性があります。

仮に、当該入金が貴殿による立替金や貸付金でないとするならば、いかなる性質の入金であるのか、会社の税務申告や会計処理にも支障が生ずるおそれがありますので、税務会計上の観点から会社と交渉してみる余地はあるのではないかと思います。

相談者様がされたことは会社に対する贈与ということになり、履行の終わった贈与を取り返すことは基本的に困難です。

ただ、横領といわれるとそういった事実もないので、労務関係上不利益に取り扱われる謂れもありません。

そのことをご理解された上で会社と話し合われた方が良いと思われます。