加工依頼のあった商材の3.6万個の内33個を紛失、損害賠償を匂わせているが、こんなことで損害賠償あおきるのか？

契約内容や、納品書等関連資料の内容にもよりますが、相手方からの原材料持ち込みを前提としていたならば、３３個分の時価相当額の賠償は理論上はありうるでしょう。
加工前の印刷物の時価をどのように評価するかという問題はありますが、上記事情を前提とする限りでは、金額は少額にとどまると思われます。
もっとも、契約書がない等の理由で、契約者による資料持込みの前提を立証できない場合、こちらの債務不履行として完成品の時価×３３やその他発注者側に生じた損害賠償請求が現実になされる可能性がないとは言えません。

相手方は交渉の仕方として上記のような表現を用いている可能性もあり、実際に損害賠償請求の実施が費用対効果に合うのかという疑念はあります。
ただ、余分の分で不足を補うのが通例とされる点を含め、契約内容や関連資料の状況が分かりかねますので、詳細に関しては法律相談（面談相談）に行かれた方が良いかと思います。

３６万では検品もできますまい。
通例と言う商慣行が優先するでしょう。
それに
注文主に３６万の立証責任があるでしょう。
立証はできないでしょうね。
したがって、損害の請求はできないでしょう。
額も僅少ですね。
下請けいじめでしょうね。
また、全体を解約することも、信義則違反で
認められませんね。