年末調整は個人情報まで詳しく調べられるのでしょうか？

子供を扶養家族にしないですませることになりますね。
扶養家族にすれば、税金が、少し下がりますけどね。
家族手当もつくかもしれませんし。
健康保険などはどうされているのか、わかりませんが、
扶養にするなら、住民票など必要ですが、扶養にし
ないなら、住民票や戸籍謄本を調べることはありません。

１ 会社からの源泉徴収票では子どもさんを扶養家族としているのでしょうか。
それによると思います。
２ 年末調整とは，1年間（その年の1月から12月）に支払われた給与から差し引かれた所得税を精算する手続きです。源泉徴収額はあくまで概算のため，各人の生活事情に応じた所得控除は考慮されていません。そのため，本来その人が納めるべき所得税を再計算する必要があるのです。
３　すると，年末調整以前に源泉徴収票つまり会社に対して扶養すべきお子さんがいることを話していて扶養手当の支給がされたりしている場合には，扶養の関係は避けて通ることはできません。
４　そのためにお子さんに関する戸籍謄本など個人情報も必要となります。
５　しかし，会社には内緒にしているならば，年末調整で何も明らかにする必要はありませんし，違法なことではないので，そのまま黙っていてもいいのではないでしょか。